Περίπου στα 1595 -1601 κατασκευάστηκε από τους Ενετούς ένας Φάρος, θεμελιωμένος στο φυσικό βράχο, που λειτούργησε ως πυρσός ανοιχτής φλόγας (φρυκτωρία) κι αναφέρεται ως «φανάρι» σε σχεδιάγραμμα κάτοψης της πόλεως των Χανίων του 1689 του V. Coronelli. Για την ανανέωση του νερού και την αποφυγή επιχωματώσεων, δημιουργήθηκε ένα άνοιγμα πάνω στο λιμενοβραχίονα και στο κέντρο του κατασκευάσθηκε ο προμαχώνας του Αγίου Νικολάου. Ο τελευταίος κάλυπτε τη μεγάλη απόσταση μέχρι την είσοδο του λιμανιού, την οποία και προστάτευε, σε συνδυασμό με το φρούριο Φιρκά. Τότε κατασκευάσθηκε και ο πρόβολος, ο πύργος δηλαδή του Φάρου που υπάρχει μέχρι σήμερα. Εδράζεται στην ενετική τραπεζοειδή βάση πάνω σε φυσικό βράχο. Τα αρχιτεκτονικά του στοιχεία είναι συνδεδεμένα με την τοπική παράδοση, όπως αυτή διαμορφώθηκε από τα τέλη της Βενετοκρατίας και εξής. Την εποχή αυτή ο Φάρος πήρε τη μορφή που ξέρουμε. Ο πύργος του κτίσματος αποτελείται από τρία τμήματα διαφορετικής διατομής: το τμήμα της βάσης είναι οκτάγωνο, το μεσαίο τμήμα είναι δεκαεξάγωνο και το τρίτο κυκλικό. Το υλικό κατασκευής της βάσης είναι της ίδιας προέλευσης και ποιότητας με αυτό που οι Ενετοί κατασκεύασαν τις οχυρώσεις της πόλης των Χανίων. Σύμφωνα με τους εγκυρότατους Αγγλικούς «φαροδείκτες» του 1847 και 1859 ο Φάρος αναστηλώθηκε – πάνω στην Ενετική βάση του – και το 1839 λειτούργησε με την νέα για την εποχή τεχνολογία. Τεκμηριωμένη πληροφορία για το πρώτο του φωτιστικό μηχάνημα δεν υπάρχει, όπως δεν υπάρχει και κάποιο στοιχείο που να δείχνει το πότε σταμάτησε να λειτουργεί ως πυρσός ανοιχτής φλόγας. Ο νέος Φάρος είναι, όπως αναφέρθηκε, διαφορετικός από τον αρχικό. Θυμίζει περισσότερο μιναρέ και ως προς τη μορφή του και ως προς την εσωτερική πέτρινη σκάλα, που οδηγεί στο μπαλκόνι με το γυάλινο πυργίσκο. Γι αυτό και το μνημείο δεν κατατάσσεται σε κάποιον από τους τυποποιημένους πύργους των φάρων σε σχέση με την διατομή του. Είναι «φανός λιμένος» και αποτελείται μόνο από τον πύργο του Φάρου, χωρίς την κατοικία των φυλάκων όπως οι υπόλοιποι επιτηρούμενοι φάροι. Κι αυτό γιατί βρίσκεται σε κατοικημένη περιοχή οπότε δεν ήταν απαραίτητη η επίβλεψη της λειτουργίας του από μία εφαπτόμενη ή κοντινή στον πύργο κατοικία φυλάκων. Παρά ταύτα, γύρω στα τέλη του 19ου αιώνα, κατασκευάστηκε στη βάση του Φάρου κεραμοσκεπής κατοικία φυλάκων, που όμως κατεδαφίστηκε πριν από το 1967. Σε όλο το ύψος του εσωτερικά υπάρχει κλίμακα από λιθοδομή που λειτουργεί και ως ελικοειδές στοιχείο ακαμψίας. Το 1864 ο Φάρος περιήλθε στην δικαιοδοσία της Γαλλικής Εταιρίας Οθωμανικών Φάρων και λειτούργησε με φωτιστικό μηχάνημα «κατοπτρικό Δ΄ Τάξεως». Κατά το τέλος της τουρκικής κατοχής κατασκευάστηκε η σκάλα της ανατολικής πλευράς, στην είσοδο δηλαδή του πύργου του Φάρου. Το περιμετρικό συμπαγές πέτρινο στηθαίο, το οκταγωνικό φυλάκιο με το μικρό τρούλο είναι νεότερες κατασκευές. Έχουν επίσης δημιουργηθεί αγωγοί μέσω των οποίων διέρχεται θαλάσσιο νερό κάτω από την επιφάνεια της βάσης του Φάρου. Ο Φάρος, το στολίδι και «σήμα κατατεθέν» της πόλης, έχει ύψος 21 μ., με ύψος εστίας από την επιφάνεια της θάλασσας 26 μ. Το φως του φτάνει σε απόσταση 7 μιλίων. Είναι ο παλαιότερος που σώζεται μέχρι σήμερα, όχι μόνο των Ελληνικών παραλίων και της Μεσογείου, αλλά κι ένας από τους παλαιότερους στον κόσμο.