Στα ιστορικά χρόνια η Κυδωνιά και πάλι αναφέρεται ως μία ισχυρή πόλη της Κρήτης, της οποίας η κυριαρχία επεκτεινόταν στο σημερινό κόλπο των Χανίων έως τις υπώρειες των Λευκών Ορέων.
Οι κάτοικοι της ήταν γνωστοί για τη φιλοξενία τους και την ικανότητα τους στο τόξο.
Η Κυδωνιά βρισκόταν συνεχώς σε εμπόλεμη κατάσταση με τις πόλεις Απτέρα, Φαλάσαρνα και Πολυρρήνια και αναμίχθηκε στον πόλεμο της Κνωσού με τη Λύττο το 220 π.Χ. Κοντά στην Κυδωνιά ηττήθηκε ο ρωμαϊκός στόλος από τις ηνωμένες δυνάμεις των Κρητικών το 74 π.Χ.
Τελικά το 69 π.Χ. ο Ρωμαίος Ύπατος Κόιντος Μέτελλος νίκησε τους Κρητικούς και κατέλαβε και την Κυδωνιά. Αναγνωρίστηκε από τους Ρωμαίους ως ανεξάρτητη πόλη και στη διάρκεια της Ρωμαιοκρατίας γνώρισε επίσης μεγάλη ακμή. Η Κυδωνιά των ιστορικών χρόνων φαίνεται ότι επεκτεινόταν στο χώρο περίπου της σημερινής πόλης με όριά της τις περιοχές των Δικαστηρίων, του Στρατοπέδου Μαρκοπούλου, του Αγίου Λουκά και των Παχιανών, περιοχές όπου έχουν εντοπιστεί νεκροταφεία όλων των περιόδων. Την ίδια περίπου έκταση κατελάμβανε και η σημερινή πόλη στις αρχές του αιώνα μας.
Πηγή: Μιχάλης Ανδριανάκης, «Η ΠΑΛΙΑ ΠΟΛΗ ΤΩΝ ΧΑΝΙΩΝ» (Εκδόσεις ΑΔΑΜ Editions).
Όλες οι φωτογραφίες και τα κείμενα αποτελούν πνευματική ιδιοκτησία του συγγραφέα και απαγορεύεται η οποιαδήποτε αντιγραφή τους ή αναδημοσίευση τους χωρίς την έγγραφη συγκατάθεση του.