Tα Χανιά κατά την Ενετοκρατία και την Τουρκοκρατία είχαν αρκετά ανεπτυγμένο εμπόριο και ναυτιλία. Όχι μόνον η εισαγωγή, αλλά και η εξαγωγή προϊόντων και διαφόρων ειδών ήταν αξιοσημείωτη. Ανάλογη με την κίνηση του εμπορίου ήταν και της ναυτιλίας, αν και διακινούνταν σχετικά λίγα πλοία λόγω της έλλειψης ευρέως και ασφαλούς λιμένος. Ήταν από τότε κοινά παραδεκτό το γεγονός πως ο ανοιχτός κόλπος των Χανίων, εκτεθειμένος στις καιρικές συνθήκες, δεν ήταν ιδιαίτερα κατάλληλος για λιμάνι. Το φυσικό λιμάνι της Σούδας μάλιστα εξυπηρετούσε αρκετά ικανοποιητικά σχετικές ανάγκες. Με την κατάληψη της πόλης από τους Γενουάτες, επιβεβαιώθηκε για άλλη μια φορά η ανάγκη δημιουργίας λιμανιού κι έτσι οι τοπικές αρχές υποχρεώθηκαν να ξεκινήσουν ενέργειες για την κατασκευή του. Επί Ενετοκρατίας, το 1302, το θέμα τέθηκε στην κυβέρνηση από τον Ρέκτορα Marino Gradenigo η οποία και δέχτηκε την πρόταση.. Όταν άρχισαν τα αιτήματα για επισκευές από τους φορείς της πόλης, κατασκευάσθηκε για πρώτη φορά το λιμάνι μεταξύ του 1320 και του 1356. Μεγάλο πρόβλημα ήταν το γεγονός ότι το λιμάνι ήταν ακατάλληλο και ότι η ανατολική του λεκάνη υπέφερε από τις προσχώσεις, που δημιουργούσαν τα νερά της βροχής ή των υπονόμων. Τα πλοία έρχονταν κι έφευγαν σ’ ένα λιμάνι που όμως ήταν μικρό και σχετικά αβαθές και ευπρόσβλητο στους βόρειους και δυτικούς ανέμους.. Έτσι συχνά στις εκθέσεις των αξιωματούχων αναφέρονται οι εργασίες που εκτελούνται, αλλά και η ανάγκη καθαρισμού και εκβάθυνσης της κυρίως ανατολικής λεκάνης.

Μετά από την επανάσταση του Αγίου Τίτου το 1363/64 το λιμάνι εγκαταλείπεται και χρησιμοποιείται εκείνο του Ηρακλείου, μια και του Ρεθύμνου είχε και αυτό ανάλογα προβλήματα. Επί Ενετοκρατίας, το 1551, γίνεται αναφορά για την εκβάθυνση της λεκάνης στο Χανιώτικο λιμάνι και η κατασκευή τοίχου με επάλξεις κατά μήκος του λεμενοβραχίονα, ο οποίος είναι θεμελιωμένος πάνω σε μια σειρά υφάλους που έκαναν το λιμάνι απροσπέλαστο στα πλοία.

Αλλά το 1645 η πόλη πέφτει στα χέρια των Τούρκων μετά από πολιορκία. Όπως είναι γνωστό, η κατάκτηση της Κρήτης ολοκληρώθηκε το 1669, μετά από 25ετή πόλεμο, με την κατάληψη του Χάνδακα, το Ηράκλειο. Οι νέοι κατακτητές δεν έδειξαν ιδιαίτερο ενδιαφέρον για την συντήρηση του Χανιώτικου λιμανιού, το οποίο αφέθηκε σε πλήρη εγκατάλειψη. Δεν έγινε καμιά επισκευή ή συντήρησή του, με την ανατολική λεκάνη του λιμένα να παραμένει ουσιαστικά άχρηστη σε όλη τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας.

Κατά τα χρόνια 1831 – 1841, η Κρήτη παραχωρήθηκε στον Αντιβασιλέα της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή ως αντάλλαγμα των υπηρεσιών που προσέφερε στο Σουλτάνο κατά τη διάρκεια της Επανάστασης του 1821 στην Κρήτη και την Πελοπόννησο. Τότε αναγνωρίζεται και η αξία του λιμανιού και το πόσο μπορεί να βοηθήσει στη βελτίωση της οικονομίας του τόπου. Λέγεται ότι ο Μεχμέτ Αλή έδωσε εντολή στον Μουσταφά Πασά να καθαρίσει τη λεκάνη του λιμανιού των Χανίων, να επισκευάσει το λιμενοβραχίονα και να κατασκευάσει το Φάρο. Και όντως πραγματοποιήθηκαν επισκευές στο λιμενοβραχίονα και εκβαθύνσεις στη λεκάνη του, εργασίες που κόστισαν (το 1838) 1.146.000 γρόσια. Από τα χρόνια της Κρητικής Πολιτείας επεκτείνεται σταδιακά η κρηπίδωση του λιμανιού, η οποία ολοκληρώνεται τα τελευταία χρόνια. Η προσέγγιση βέβαια των μεγάλων πλοίων κατά το παρελθόν, γινόταν έξω από το λιμάνι. Σταματούσαν «αρόδω» όταν οι καιρικές συνθήκες το επέτρεπαν, και οι επιβάτες και τα φορτία μεταφέρονταν με βάρκες στο χώρο μπροστά από το τέμενος Κιουτσούκ Χασάν, το γνωστό μας Γιαλί Τζαμισί.

Σήμερα το γραφικό Ενετικό λιμάνι των Χανίων συγκεντρώνει πλήθος επισκεπτών και Χανιωτών, κυρίως τους θερινούς μήνες. Πολλά εστιατόρια, ταβέρνες, καφετέριες, μπαρ κατά μήκος της παραλίας προσφέρονται για χαλαρές ώρες αναψυχής και ψυχαγωγίας.