Η κατάληψη της Κρήτης από τους Σαρακηνούς Άραβες το 823, φέρνει φοβερή αναστάτωση στο νησί. Αν και αναφέρεται στο πολύ μεταγενέστερο Χρονικό του Γεωργίου Φραντζή ότι η Κυδωνιά ήταν μια από τις δυο πόλεις της Κρήτης που παρέμειναν ελεύθερες, η πληροφορία δεν επιβεβαιώνεται από άλλη πηγή. Αντιθέτως από το Βίο του Οσίου Νικολάου του Στουδίτη, ο οποίος γράφτηκε λίγα χρόνια μετά την απελευθέρωση της Κρήτης, προκύπτουν ορισμένα χρήσιμα στοιχεία για την Κυδωνιά.
Ο Νικόλαος γεννήθηκε στην Κυδωνιά το 793 και έφυγε από την πατρίδα του σε ηλικία 10 ετών για την Κωνσταντινούπολη, όπου έγινε μοναχός και τελικά ηγούμενος της περίφημης Μονής Στουδίου. Ο Νικόλαος υπήρξε γνωστός γραφέας χειρογράφων στο περίφημο εργαστήριο της Μονής. Ο βιογράφος του Οσίου Νικολάου μας πληροφορεί τα παρακάτω για την πατρίδα του: «Η πόλη του ονομαζόταν Κυδωνιά και είχε την πηγή των αγαθών ανεξάντλητη, ανάλογη με τη δόξα του ονόματος της», επειδή «ποτιζόταν από παντού με καθαρά νερά και παρήγε σιτάρι και κρασί και διάφορους καρπούς».
Εξόριστος πια για τους εικονόφιλους αγώνες του, δέχεται την επίσκεψη του αδελφού του Τίτου, ο οποίος του περιγράφει «με πολλά δάκρυα» την «πολύπαθη τραγωδία» της πατρίδας τους και «τις σφαγές που έγιναν από τους άγριους χοίρους, τους άθεους Ισμαηλίτες».
Από την περίοδο της Αραβοκρατίας δεν έχουν, προς το παρόν, εντοπιστεί κάποιες αρχαιολογικές ενδείξεις στην περιοχή της Κυδωνιάς.
Πηγή: Μιχάλης Ανδριανάκης, «Η ΠΑΛΙΑ ΠΟΛΗ ΤΩΝ ΧΑΝΙΩΝ» (Εκδόσεις ΑΔΑΜ Editions).