Οι γνώσεις μας για την Κυδωνιά των Χριστιανικών χρόνων είναι επίσης περιορισμένες, ιδίως όσον αφορά στην πρώτη χιλιετία. Υπάρχουν λίγες πληροφορίες από τις πηγές και ορισμένες σποραδικές αρχαιολογικές ενδείξεις με σημαντικότερη τον πρόσφατο εντοπισμό των οικοδομικών λειψάνων μεγάλης παλαιοχριστιανικής βασιλικής στη θέση του βενετσιάνικου καθεδρικού ναού της Παναγίας (Duomo), στο κέντρο του λόφου Καστέλι. Τα στοιχεία αυτά απλούς βεβαιώνουν προς το παρόν τη θέση και τη σημασία του οικισμού στην περίοδο αυτή.
Υπάρχει επίσης πρόβλημα γύρω από το λόγο και το χρόνο της μετονομασίας της Κυδωνιάς σε Χανιά. Το νέο όνομα συναντάται για πρώτη φορά με τη μορφή Cania στο έγγραφο «Sexteriorum Cretensium in Militias divisio» το 1211 και Canea στο έγγραφο της παραχώρησης της περιοχής των Χανιών το 1252. Ως προς το λόγο της μετονομασίας, έχουν διατυπωθεί, επίσης, πολλές απόψεις από τις οποίες η πειστικότερη είναι του καθηγητού Νικολάου Πλάτωνα, ο οποίος τη συνδέει με την ύπαρξη στον ευρύτερο χώρο της Κυδωνιάς της «Αλχανίας κώμης» από το όνομα του θεού Βελχανου (Ήφαιστος – Vulcanus).
To πιο εύκολο στην προφορά όνομα της κώμης αυτής φαίνεται ότι διατήρησαν οι Σαρακηνοί Άραβες, συγχέοντάς το ασφαλώς με το δικό τους Al-Hanim (το Χάνι). Μετά την απομάκρυνση των Αράβων η συλλαβή θεωρήθηκε πιθανότατα ως το αραβικό άρθρο Αl- και μεταφέρθηκε στη συνέχεια στην ελληνική γλώσσα ως (τα) Χανιά και στη λατινική (La) Canea.
Η πρώτη πληροφορία για τη χριστιανική Κυδωνιά προέρχεται από το Βίο των Αγίων Δέκα, οι οποίοι μαρτύρησαν κατά το διωγμό του Δεκίου το 250 μ.Χ. στην πρωτεύουσα της Κρήτης Γόρτυνα. Ένας από τους δέκα μάρτυρες ήταν και ο Βασιλείδης από την Κυδωνιά. Το γεγονός αυτό σημαίνει ότι και στην Κυδωνιά, πόλη παράλια και με εμπορικές σχέσεις, υπήρχε ευχέρεια διακίνησης νέων ιδεολογιών και είχε αναπτυχθεί από αρκετά νωρίς χριστιανική κοινότητα. Για πρώτη φορά εμφανίζεται στις πηγές η Επισκοπή Κυδωνιάς με επίσκοπο τον Κυδώνιο, ο οποίος πήρε μέρος το 343 στη Σύνοδο της Σαρδικής (Σόφιας). Το γεγονός ότι η επισκοπή της περιοχής εγκαταστάθηκε στην Κυδωνιά, βεβαιώνει την ιδιαίτερη σημασία της πόλης.
Η Κυδωνιά υπαγόταν εκκλησιαστικά στη μητρόπολη της Γόρτυνας, η οποία έως το 731 ήταν εξαρτημένη από τον πάπα της Ρώμης, οπότε μεταφέρθηκε στη δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Ο επίσκοπος Σίβων υπογράφει το 458 μαζί με άλλους Κρητικούς ιεράρχες επιστολή προς τον πάπα Λέοντα Α’.
Η Κυδωνιά αναφέρεται ανάμεσα στις 22 σπουδαιότερες πόλεις της Κρήτης στο «Συνέκδημο» του Ιεροκλέους τον 6ο αιώνα. Σε όλα τα εκκλησιαστικά «Τακτικά», πριν και μετά την Αραβοκρατία, αναφέρεται η Επισκοπή Κυδωνιάς. Τα αρχαιολογικά ευρήματα της περιόδου είναι εξίσου περιορισμένα με τις πληροφορίες των πηγών. Στις αρχές του αιώνα είχαν ανακαλυφθεί λίγοι τάφοι στην περιοχή του Αγίου Ιωάννη του Ταβλά με επιγραφές του 5ου αιώνα. Τάφοι έχουν βρεθεί και στην περιοχή του Ορφανοτροφείου. Από την παλιά πόλη προέρχονται δυο κορινθιακά κιονόκρανα σε δεύτερη χρήση.
Μια πρόσφατη αρχαιολογική ανακάλυψη (1990), που προσδιορίζει τη θέση του κέντρου της παλαιοχριστιανικής πόλης, αποτελεί και το σημαντικότερο στοιχείο. Πρόκειται για τα λείψανα μεγάλης βασιλικής, που εντοπίστηκαν κάτω από τα ερείπια του βενετσιάνικου καθεδρικού ναού στην πλατεία της Αγίας Αικατερίνης, στο κέντρο του λόφου Καστέλι. Τα θεμέλια της παλαιοχριστιανικής βασιλικής συμπίπτουν με εκείνα της βενετσιάνικης μητρόπολης και βεβαιώνουν ότι πρόκειται για ένα ιδιαίτερα σημαντικό κτίσμα, ανάλογο με τη σημασία της πόλης – έδρας της επισκοπής. Η ολοκλήρωση της έρευνας του μνημείου θα συντελέσει στην επίλυση αρχαιολογικών προβλημάτων της παλαιοχριστιανικής Κυδωνιάς.
Με τα στοιχεία που έχουμε έως σήμερα θεωρείται πιθανόν ότι η πόλη και κατά την περίοδο αυτή είχε ως κέντρο της την περιοχή του Καστελίου και επεκτεινόταν στον ίδιο χώρο με την πόλη των μεταγενέστερων χρόνων. Τα όρια της πόλης προσδιορίζονται περίπου από τα νεκροταφεία, τα οποία κατά τη συνήθεια της εποχής υπήρχαν extra muros (εκτός των τειχών). Η περαιτέρω αρχαιολογική έρευνα θα δείξει εάν η πόλη ήταν τειχισμένη. Πρόσφατα πάντως εντοπίσαμε λείψανα του τείχους της ελληνιστικής περιόδου στην ίδια θέση με το βυζαντινό, γεγονός το οποίο ενισχύει την υπόθεση ότι τουλάχιστον ο φυσικά οχυρός λόφος του Καστελίου έπαιζε πάντοτε το ρόλο της ακρόπολης.
Πηγή: Μιχάλης Ανδριανάκης, «Η ΠΑΛΙΑ ΠΟΛΗ ΤΩΝ ΧΑΝΙΩΝ» (Εκδόσεις ΑΔΑΜ Editions).
Όλες οι φωτογραφίες και τα κείμενα αποτελούν πνευματική ιδιοκτησία του συγγραφέα και απαγορεύεται η οποιαδήποτε αντιγραφή τους ή αναδημοσίευση τους χωρίς την έγγραφη συγκατάθεση του.