Στην αμέσως επόμενη περίοδο η βυζαντινή κυβέρνηση φροντίζει ιδιαίτερα για την εδραίωση της εξουσίας της στην Κρήτη με ενίσχυση του πληθυσμού, διοικητική αναδιοργάνωση και κατασκευή οχυρωματικών έργων.
Σχετική με την αναδιοργάνωση της τοπικής Εκκλησίας φαίνεται ότι ήταν και η δραστηριότητα του λόγιου μοναχού Ιωάννη Ξένου και Ερημίτη, ο οποίος θα κτίσει σε μικρή απόσταση από την πόλη τον εντυπωσιακό ναό της Ζωοδόχου Πηγής μεταξύ των χωριών Αλικιανός και Κουφός.
Ο Ιωάννης δρα ως ιεραπόστολος στην ευρύτερη περιοχή της Δυτικής Κρήτης. Σε μικρή απόσταση επίσης από την Κυδωνιά σώζονται και τα ερείπια της μεγάλης βασιλικής της Θεοτόκου κοντά στα χωριά Αγιά και Επισκοπή. Η αρχική οικοδόμηση του ναού κατά τον 5ο αιώνα και μια εκτεταμένη επέμβαση ανακατασκευής του στα μετά την Αραβοκρατία χρόνια, κάνουν πιθανή την άποψη που υποστήριξε ο Ιταλός ερευνητής G. Gerola για μετατόπιση των επισκοπικών εδρών της Κρήτης από τα παράλια σε ασφαλέστερες θέσεις της ενδοχώρας. Αυτό επιβεβαιώνεται γενικότερα και από την ύπαρξη πολλών οικισμών στην Κρήτη με το όνομα Επισκοπή σε θέσεις διαφορετικές από εκείνες της προ της Αραβοκρατίας περιόδου. Το όνομα Επισκοπή εντοπίζεται στον κοντινό οικισμό Αγια και κατά την πρώιμη Βενετοκρατία ο Λατίνος επίσκοπος Χανίων έχει τον τίτλο του «Agiensis» από τον ομώνυμο οικισμό. Αν και η έδρα του επισκόπου Κυδωνιάς κατά τη δεύτερη βυζαντινή περίοδο φαίνεται ότι είναι διαφορετική από την πόλη της οποίας φέρει το όνομα, είναι βέβαιο ότι ο αρχαίος οικισμός παραμένει ένα σημαντικό στρατιωτικό οχυρό, όπως φαίνεται από την οχύρωση της ακρόπολης στο λόφο Καστέλι με ένα περιμετρικό τείχος, κτισμένο από οικοδομικό υλικό της αρχαίας πόλης. Το τείχος είναι και η μόνη αρχαιολογική απόδειξη για την ύπαρξη της πόλης σην περίοδο μεταξύ της Αραβοκρατίας και της Βενετοκρατίας.
Η πόλη φαίνεται ότι είναι γνωστή με το νέο της όνομα. Τα Χανιά πιστεύεται ότι εννοεί ο Άραβας γεωγράφος Αl Sarif Αl Edrisi κατά το 12ο αιώνα, όταν αναφέρεται στην Rabdn-El-Djobn (Πόλη του Τυριού), Ο Edrisi μνημονεύει την ύπαρξη γύρω από αυτή την πόλη οπωροφόρων κήπων, χρυσωρυχείου και αίγαγρων στα κοντινά βουνά. Πράγματι τα Χανιά είναι κέντρο κτηνοτροφίας, περιβάλλονται από εύφορες εκτάσεις, ενώ κατά την αρχαιότητα αναφέρεται η ύπαρξη χρυσωρυχείων στα κοντινά όρη Βερέκυνθος (Μάλαξα).
Πηγή: Μιχάλης Ανδριανάκης, «Η ΠΑΛΙΑ ΠΟΛΗ ΤΩΝ ΧΑΝΙΩΝ» (Εκδόσεις ΑΔΑΜ Editions).
Όλες οι φωτογραφίες και τα κείμενα αποτελούν πνευματική ιδιοκτησία του συγγραφέα και απαγορεύεται η οποιαδήποτε αντιγραφή τους ή αναδημοσίευση τους χωρίς την έγγραφη συγκατάθεση του.
Μετά από την Τετάρτη Σταυροφορία και τη διανομή των εδαφών της βυζαντινής αυτοκρατορίας το 1204, η Κρήτη δίδεται στο Βονιφάτιο, Μαρκήσιο του Μομφερά. Αυτός με τη σειρά του προτιμά να την πουλήσει στους Βενετούς για 1000 ασημένια μάρκα.
Οι Βενετοί ανάμεσα στα 1204 και 1211 επιχειρούν να εδραιώσουν την παρουσία τους στην Κρήτη απέναντι στους ντόπιους, αλλά και στους Γενουάτες, που με επικεφαλής τον Κόμη της Μάλτας Ερρίκο Πεσκατόρε έσπευσαν να την καταλάβουν για λογαριασμό τους. Η αμφισβήτηση της εξουσίας των Βενετών, τουλάχιστον στο δυτικό τμήμα της Κρήτης, συνεχίστηκε έως το 1252, οπότε και αποικίστηκε και η περιοχή των Χανίων.
Επίκεντρο της επανάστασης του 1230 έως το 1236, που έγινε με την υποκίνηση των αρχοντορωμαίων Σκορδύληδων, Μελισσηνών και Δρακοντόπουλων και με την ενίσχυση των στρατευμάτων της αυτοκρατορίας της Νικαίας, ήταν το φρούριο του Αγίου Νικολάου κοντά στον ομώνυμο ναό στα Κυριακοσέλια Αποκορώνου. Το 1252 οι Βενετοί καταφέρνουν να επιβληθούν οριστικά και στην περιοχή των Χανίων.
Τότε γίνεται και η διανομή της περιοχής σε αποίκους από τη Βενετία. Τα Χανιά ορίζονται ως έδρα του Ρέκτορα της περιοχής, ενώ οι φρούραρχοι της υπαίθρου, οι «καστελάνοι», εδρεύουν στα επαρχιακά φρούρια με περιοχές ευθύνης ανάλογες με τις σημερινές επαρχίες. Ένα πολύτιμο ντοκουμέντο, η Concessio Canee, facia per dominum Maurocenum, Ducem Venecie, et eius Successores, fidelibus Venetis. 1252. Die 29 mensis Aprilis. (Παραχώρηση των Χανίων, που έγινε από τον κύριο Μαρίνο Μοροζίνη, Δόγη της Βενετίας και τους διαδόχους του προς πιστούς Βενετούς. 1252. 29 μηνός Απριλίου), περιέχει ιδιαίτερα σημαντικές πληροφορίες για την πόλη και το σημερινό νομό Χανίων. Συγκεκριμμένα αναφέρεται ότι η περιοχή των Χανίων «ήτις άρτι κατέστη ελευθέρα», «από την ρίζαν της Φλακής μέχρι της άλλης θαλάσσης προς νότο και εκείθεν μέχρι του Ακρωτηρίου Σπάθα» με τις νήσους Γαύδοι, διαιρείται σε 90 «καβαλαρίες» από τις οποίες οι 15 παραμένουν στην ιδιοκτησία του Δημοσίου και οι 75 μοιράζονται στους Βενετούς αποίκους.
Ταυτόχρονα δίδεται η εντολή να «ανοικοδομηθεί η πόλη των Χανίων», της οποίας ο χώρος διανέμεται με τον ίδιο τρόπο. Η χρήση της λέξης «ανοικοδομηθεί» βεβαιώνει ότι υπήρχε στη θέση αυτή κάποια πόλη. Κατά τους πρώτους αιώνες της Βενετοκρατίας η πόλη των Χανιών – η δεύτερη σε σημασία του Βασιλείου της Κρήτης – περιοριζόταν στον οχυρωμένο λόφο του Καστελιού. Το βυζαντινό τείχος επισκευάστηκε σε πολλά σημεία, διατηρώντας το αρχικό του περίγραμμα, ορατό ακόμη έως σήμερα.
Σταδιακά η πόλη εξαπλώνεται γύρω από το τείχος και σχηματίζονται οι «εξώβουργοι», συνοικίες των κατώτερων κοινωνικών τάξεων.
Κατά το 14ο αιώνα μαρτυρείται η κατασκευή ενός εξωτερικού τείχους, που περιέβαλε το τμήμα αυτό της πόλης. Μέχρι σήμερα πάντως δεν έχουν εντοπιστεί ίχνη του.
Μέσα στην πόλη κατά την πρώτη αυτή περίοδο, υπερίσχυε το καθολικό στοιχείο, σε αντίθεση με την ύπαιθρο, όπου η υπεροχή των ορθοδόξων ήταν συντριπτική. Οι εθνικές και θρησκευτικές διαφορές επηρεάζουν δυσμενώς τις μεταξύ τους σχέσεις.
Οι κατακτητές ασκούν ισχυρή καταπίεση στο ντόπιο πληθυσμό, ο οποίος με τη σειρά του αντιδρά έντονα με την υποστήριξη του εθνικού του κέντρου, της Κωνσταντίνου πόλης. Είναι πολύ συχνές οι επαναστάσεις με την καθοδήγηση των αρχοντορωμαίων και του ορθόδοξου κλήρου. Στην πρώτη περίοδο της Βενετοκρατίας υπάρχουν στεγανά ανάμεσα στα δυο πληθυσμιακά στοιχεία. Η πτώση, ωστόσο, της Κωνσταντινούπολης στους Τούρκους το 1453, στερεί τους Κρητικούς από το πολιτικό τους κέντρο, παρόλο που συνεχίζει να παραμένει αμείωτη η επιρροή του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Το γεγονός αυτό, η ολοένα αυξανόμενη απειλή της τουρκικής κατάκτησης, η άνοδος της αστικής τάξης σε βάρος της φεουδαρχίας, η μακροχρόνια συμβίωση και οι επαφές με τη Βενετία, δημιουργούν τις προϋποθέσεις για την προσέγγιση των δυο λαών.